En España el derecho penitenciario siempre tuvo naturaleza militar, hasta que, en 1834, tímidamente, comenzó la separación orgánica, entre los establecimientos civiles y militares, siendo en 1849 cuando se independizaron formalmente las cárceles civiles de las militares. La continuación de éstas últimas, se fundamentó en que la finalidad primordial de las instituciones penitenciarias militares es la reeducación de los internos en orden a su reincorporación a las Fuerzas Armadas, insertando así matices distintos respecto de los objetivos fijados por el legislador penitenciario.
En este sentido, el principio general que preside el régimen sancionador militar, no deja de ser el común a todo el ordenamiento jurídico sancionador, como equilibrio entre las garantías básicas del infractor y las prerrogativas de la Administración, pero sin olvidar, en este caso, la defensa de los valores esenciales de las Fuerzas Armadas, es decir, garantizar la observancia de las reglas de comportamiento de los militares, en particular la disciplina, la jerarquía y la unidad no exigibles a la ciudadanía civil y que, de acuerdo con la Constitución y el resto del ordenamiento jurídico, constituyen el código de conducta de los miembros de las Fuerzas Armadas.
No obstante, lo dicho, las opiniones y por tanto el debate, respecto a la supresión o el mantenimiento de un sistema penitenciario militar distinto del común es constante, y como reto de futuro, lo abordaremos a través de esta Cátedra.